こちら( http://qiita.com/yoichiro6642/items/50afc3d48ba9bf46a7ec )の記事を参考に、githubのIssue/PRのTemplateを作成してみた。
markdown形式のファイルを登録
markdown形式でかけます、githubがそうですもんね。
.githubディレクトリに入れても動作してくれるとのことです。
こちらはIssueの方。
### 内容
ここにIssueの説明を書いてください。
### タスク
- [ ] タスクを書いてください
### その他
とくになし
こちらはPRの方。
### 該当Issue
Connected to #
### 内容
内容があればここに。
表示されるのを確認
実際にレポジトリに上げると以下のように表示されました。Good。
こっちがIssue

こっちがPR

毎回入力しているのでありがたいです、ありがとうGITHUB。
waffle.ioもこれ対応してくれないかなー。